海運，因其運輸能力強、運費低優點受到國際貨運行業的廣泛運用，在海運過程中由于貨物的載體通常是以集裝箱為單位，所以進口報關代理時的步驟會有不同。

清關公司代理海運進口報關總共單據包括：正本提單或電放副本、裝箱單、發票、合同（一般貿易）。
1.憑借進口報關全套單據, 清關公司可以查清此批貨物是由哪家船公司運輸、哪家船代操作、如何換取提貨單。
2.換單時海運進口清關公司需要提前聯系場站確認港雜費（提現費、掏箱費、裝車費、回空費等）。
 3. 海運進口清關公司根據發貨人提供的進口報關代理資料，及集裝箱的柜號、封簽資料；如果是場裝的話，還得另外多打印一份裝箱單交給堆場。
4.在貨柜和貨物全部到齊后，要在第六聯之后蓋進場章，然后憑借申報資料和裝箱單一起向船代申報，當船代審核過后留下第二、第九聯和裝箱單留底，將第六聯蓋章后與第七、第八聯交給進口報關公司。

5.海運進口清關公司在這種情況下根據收貨人提供的發票、箱單、報關委托書、核銷單，在船到前兩到三日，先憑借資料打出報關單，進行報關單預錄入海關系統，等海關接受之后才可以正式提交報關資料。

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